Buchhaltung für Ärzte und Zahnärzte: Wie funktioniert sie?

Was versteht man unter Buchhaltung in der Arzt‑ und Zahnarztpraxis?

Die Praxis Buchhaltung bedeutet, jeden finanziellen Vorgang systematisch und nachvollziehbar zu erfassen. Dazu gehören: 

• Einkünfte aus Kassen- und Privatabrechnungen, Laborleistungen oder IGeL-Leistungen,
• Ausgaben wie Miete, Gehälter, Material, Geräte, Versicherungen und Fortbildungen,
• Investitionen in medizinische Geräte oder Praxiseinrichtung,
• Privatentnahmen und Einlagen der Praxisinhaber,
• ggf. umsatzsteuerpflichtige Umsätze bei ästhetischen oder kosmetischen Behandlungen.

Die Buchhaltung dient dabei nicht nur der Erfüllung gesetzlicher Vorschriften, sondern auch der Steuerung der Praxis. Sie dokumentiert zuverlässig alle Einnahmen und Ausgaben, bildet die Grundlage für die Steuererklärung und zeigt gleichzeitig, wie wirtschaftlich die Praxis arbeitet – sowohl für den Inhaber selbst als auch für Außenstehende wie Banken oder potenzielle Käufer. 

Welche gesetzlichen Pflichten gelten für Praxisinhaber?

Aufbewahrungsfristen und Dokumentationspflichten

Durch die gesetzlichen Aufbewahrungsfristen sind Ärzte und Zahnärzte nach § 257 HGB verpflichtet, ihre Geschäftsbücher und Belege je nach Dokumentenart sechs, acht oder zehn Jahre aufzubewahren:

• zehnjährige Aufbewahrungsfrist bei: 
  • Handelsbücher
  • Inventare
  • Eröffnungsbilanzen
  • Jahresabschlüsse
  • Einzelabschlüsse nach § 325 Abs. 2a
  • Lageberichte
  • Konzernabschlüsse
  • Konzernlageberichte
  • zum Verständnis der oben genannten erforderlichen Arbeitsanweisungen und sonstigen Organisationsunterlagen
• achtjährige Aufbewahrungsfrist bei:
  • E-Rechnungen
• sechsjährige Aufbewahrungsfrist bei: 
  • empfangenen Handelsbriefe
  • Wiedergaben der abgesandten Handelsbriefe

Eine digitale Buchhaltung in Arztpraxen muss dabei den Anforderungen der GOBD entsprechen und folgende Grundsätze erfüllen:  

• Grundsatz der Nachvollziehbarkeit und Nachprüfbarkeit 
• Grundsätze der Wahrheit, Klarheit und fortlaufenden Aufzeichnung
  • Vollständigkeit 
  •  Einzelaufzeichnungspflicht 
  • Richtigkeit 
  • zeitgerechte Buchungen und Aufzeichnungen 
  • Ordnung 
  • Unveränderbarkeit 

Abgrenzung: Freiberufler vs. Gewerbetreibende

Ärzte gelten als Freiberufler (§18 Abs. 1 EStG) und müssen keine Gewerbesteuer zahlen – solange sie die Heilbehandlung persönlich und unter eigener Verantwortung ausüben oder diese überwachen. Übertragen sie die ärztliche Tätigkeit vollständig auf angestellte Ärzte, kann die Tätigkeit als Gewerbe eingestuft werden und Gewerbesteuerpflicht auslösen.   

Relevante Gesetze (EStG, UStG, GoBD)

• Einkommensteuergesetz (EStG): regelt die Gewinnermittlung über die Einnahmen‑Überschuss‑Rechnung oder den Betriebsvermögensvergleich (§ 4 Abs. 3 bzw. Abs. 1 EStG).
• Umsatzsteuergesetz (UStG): bestimmt, dass Heilbehandlungen steuerfrei sind (§ 4 Nr. 14 UStG), während rein kosmetische oder betriebsfremde Leistungen der Umsatzsteuer unterliegen.
• Abgabenordnung (§ 141 AO): setzt die Schwellen für die Buchführungspflicht: Überschreiten Arztpraxen einen Jahresumsatz von mehr als 800 000 € oder einen Gewinn von mehr als 80 000 €, kann das Finanzamt die doppelte Buchführung verlangen. 
• GoBD: legt fest, wie elektronische Bücher und Belege aufzubewahren sind. 

Welche Buchführungsmethoden kommen für Praxen infrage?

Einnahmen‑Überschuss‑Rechnung (EÜR)

Die meisten niedergelassenen Ärzte und Zahnärzte gelten steuerlich als Freiberufler. Deshalb sind sie in aller Regel nicht zur Bilanzierung (z.B. mittels doppelter Buchführung) verpflichtet, sondern können ihren Gewinn mit der Einnahmen-Überschuss-Rechnung (EÜR) ermitteln. Diese einfache Gewinnermittlungsmethode genügt den steuerlichen Anforderungen: Einnahmen werden zu dem Zeitpunkt erfasst, wenn sie bezahlt werden (also auf dem Konto eingehen) und Ausgaben zu dem Zeitpunkt, wenn sie gezahlt werden. Wichtig ist dabei, dass alle Belege chronologisch und lückenlos dokumentiert werden. Zusätzlich ist ein Anlagenverzeichnis zu führen, in dem Praxisinventar, Geräte und andere Wirtschaftsgüter mit Anschaffungsdatum und Restbuchwert aufgeführt sind – ein Aspekt, der besonders bei einem späteren Praxisverkauf von großer Bedeutung ist.

Doppelte Buchführung – wann sie notwendig ist

Die doppelte Buchführung ist für Arzt- und Zahnarztpraxen nur in bestimmten Fällen verpflichtend: Sie muss angewendet werden, wenn die gesetzlichen Buchführungsgrenzen nach § 141 AO überschritten werden (aktuell 800.000 € Umsatz oder  80.000 € Gewinn jährlich) oder wenn die Praxis in der Rechtsform einer Kapitalgesellschaft – etwa einer GmbH – betrieben wird. Manche Praxisinhaber entscheiden sich auch freiwillig dafür, da sie Banken oder Investoren damit eine höhere Transparenz bieten können.

Inhaltlich funktioniert die doppelte Buchführung so, dass jeder Geschäftsvorfall gleichzeitig auf zwei Konten erfasst wird – im Soll und im Haben. Das Geschäftsjahr wird mit einer Bilanz und einer Gewinn- und Verlustrechnung abgeschlossen, in der Betriebseinnahmen und -ausgaben gegenübergestellt werden. Dieses Verfahren ist zwar deutlich komplexer als die Einnahmen-Überschuss-Rechnung, erlaubt aber wesentlich detailliertere betriebswirtschaftliche Auswertungen im Rahmen des Rechnungswesens.   

Unterschiede, Vorteile und Pflichten

Kriterium	Einnahmen-Überschuss-Rechnung (EÜR)	Doppelte Buchführung
Pflicht	Für Freiberufler wie Ärzte und Zahnärzte ausreichend, solange keine Buchführungsgrenzen überschritten werden	Verpflichtend bei Kapitalgesellschaften oder Überschreiten von 800.000 € Umsatz bzw. 80.000 € Gewinn p. a.
Aufwand	Gering, da nur tatsächliche Zahlungseingänge und -ausgänge erfasst werden	Höher, da jeder Geschäftsvorfall im Soll und Haben auf zwei Konten gebucht wird
Dokumentation	Geordnete Belegablage und separate Liste für Anlagegüter erforderlich	Lückenlose Erfassung aller Geschäftsvorfälle, Bilanz und GuV am Jahresende
Transparenz	Gibt primär Aufschluss über Liquidität	Liefert exakte Übersicht über Vermögen, Schulden, Gewinn und betriebswirtschaftliche Kennzahlen
Praxisrelevanz	Standardverfahren für die meisten Einzelpraxen	Sinnvoll bei größeren Praxen, Gemeinschaftspraxen oder für mehr Transparenz gegenüber Banken/Investoren

Was sind die wichtigsten Buchhaltungsbereiche in Arztpraxen?

Die Buchhaltung einer Arzt- oder Zahnarztpraxis umfasst verschiedene Aufgabenfelder, die zusammen ein vollständiges Bild über die wirtschaftliche Lage der Praxis ergeben. Dazu gehören vor allem:

• Einnahmen und Ausgaben: KV-/KZV-Abrechnungen, IGeL-Leistungen, Kassen- und Privatleistungen sowie Ausgaben für Personal, Miete, Material, Versicherungen oder Fortbildungen.
• Privatentnahmen und Praxisausgaben: strikte Trennung von privaten und betrieblichen Zahlungen, bei gemischten Kosten (z. B. Praxis-Auto, welches auch privat genutzt wird) anteilige Aufteilung.
• Anlagenbuchhaltung: Erfassung langlebiger Wirtschaftsgüter wie Geräte, Möbel oder Software mit Abschreibung nach Nutzungsdauer.
• Kontenrahmen: von Steuerberatern empfohlene Standardkontenrahmen (SKR03/SKR04), ergänzt durch branchenspezifische SKR 80/81 für Arzt- und Zahnarztpraxen.

Wie gilt für die Umsatzsteuer bei der Buchhaltung in Arzt‑ bzw. Zahnarztpraxen?

Heilbehandlungen, die der Vorbeugung, Diagnose, Behandlung oder Heilung von Krankheiten dienen, sind nach § 4 Nr. 14 UStG von der Umsatzsteuer befreit. Dazu gehören unter anderem Vorsorgeuntersuchungen, Hausbesuche, Impfungen und medizinische Gutachten. Auch in der Zahnarztpraxis sind Behandlungen steuerfrei, wenn sie medizinisch notwendig sind. Einnahmen aus Heilbehandlungen müssen zwar verbucht, aber nicht in der Umsatzsteuer‑Voranmeldung gemeldet werden.

Sobald Leistungen nicht dem Therapiezweck dienen, unterliegen sie der Umsatzsteuer. Dazu zählen kosmetische Operationen, ästhetische Zahnkorrekturen, Bleaching, Ernährungsberatung oder das Vermieten von Praxisräumen. Für solche Umsätze müssen Rechnungen mit ausgewiesener Umsatzsteuer erstellt und Voranmeldungen abgegeben werden. Die Kleinunternehmerregelung des § 19 UStG kann für kleine Praxen infrage kommen (Vorjahresumsatz ≤ 25 000 € und erwarteter Umsatz im aktuellen Geschäftsjahr ≤ 100 000 €), hat aber den Nachteil, dass keine Vorsteuer abgezogen werden darf.

Erzielt eine Praxis sowohl steuerfreie als auch steuerpflichtige Umsätze, muss sie eine präzise Aufteilung vornehmen. Für steuerpflichtige Leistungen ist die Umsatzsteuer zu berechnen und an das Finanzamt abzuführen; für steuerfreie Leistungen gilt der Vorsteuerabzug nicht. Es empfiehlt sich, separate Erlöskonten zu führen und den jeweiligen Beleg mit medizinischer Indikation zu dokumentieren, um den Steuerstatus zu belegen. Bei hohen Umsätzen muss die Voranmeldung monatlich abgegeben werden, ansonsten vierteljährlich; die Grenze für monatliche Voranmeldungen wurde 2025 auf mehr als 9 000 € angehoben. Die Voranmeldung ist jeweils bis zum 10. des Folgemonats fällig.

Welche Softwarelösungen unterstützen die Praxisbuchhaltung?

Praxismanagement‑Systeme mit Buchhaltungsmodul

Moderne Praxisverwaltungssysteme (PVS) integrieren Terminplanung, Patientenverwaltung und Buchhaltung in einer Software – eine wertvolle Unterstützung für eine effiziente Finanzbuchhaltung. Eine Buchhaltungssoftware für die Praxis ist in der Lage: 

• Einnahmen und Ausgaben zu erfassen
• Privatabrechnungen nach GOÄ/GOZ zu erstellen
• Zahlungseingänge zu überwachen
• Mahnwesen durchzuführen
• Schnittstellen zum Steuerberater anzubieten

Zu den bekannten Anbietern zählen:

• Care01 (nur für Österreich)
• inBehandlung (Tierarzt-Software
• TheraPsy (Software für Psychotherapeuten)
• Lemniscus (Cloudsoftware für Heilpraktiker und Therapeuten)
• vitomed (nur für die Schweiz)

Andere Praxissoftware-Anbieter bieten Erweiterungen an oder arbeiten mit Datenkonvertern zusammen, um eine Buchhaltungsfunktion in ihrem System zu ermöglichen.

Externe Buchhaltungssoftware

Wer ein unabhängiges Buchhaltungsprogramm bevorzugt oder neben der Praxissoftware ein Finanztool einsetzen möchte, kann auf Lösungen wie 

• sevDesk
• Lexware
• BuchhaltungsButler
• FastBill
• solvi flow
• bizSoft

zurückgreifen. Diese Programme automatisieren das Einlesen von Bankumsätzen, digitalisieren Belege, erstellen Angebote und Rechnungen, unterstützen bei der Erstellung der EÜR und Umsatzsteuer‑Voranmeldungen und bieten DATEV‑Schnittstellen. Der Funktionsumfang unterscheidet sich je nach Tarif, viele Anbieter bieten Abos ab wenigen Euro pro Monat.

Wie oft sollte die Buchhaltung erledigt werden?

Wer seine Praxisführung vorausschauend gestalten möchte, sollte die Buchhaltung nicht erst zum Jahresende erledigen, sondern regelmäßig. Experten empfehlen, Einnahmen und Ausgaben mindestens monatlich zu buchen, damit die Praxis laufend ihre Liquidität und Rentabilität beurteilen kann. Die Betriebswirtschaftliche Auswertung (BWA) sollte ebenfalls monatlich oder quartalsweise erstellt werden, sie liefert aktuelle Informationen über Umsatz‑ und Kostenstrukturen und ermöglicht ein frühzeitiges Gegensteuern bei negativen Entwicklungen, etwa bei erhöhtem Kostendruck. In den ersten Jahren können Kassenabrechnungen aufgrund verzögerter KV‑Zahlungen wenig aussagekräftig sein, daher ist es sinnvoll, Plan‑ und Ist‑Zahlen gegenüberzustellen.  

Regelmäßige Buchhaltungsintervalle bieten dabei einige Vorteile:

• Transparenz: Laufende Buchungen ermöglichen es, Engpässe zu erkennen und Investitionen zu planen.
• Frühwarnsystem: Regelmäßige BWA dienen als Frühindikator für Umsatzrückgänge oder Kostensteigerungen.
• Steuerliche Planung: Wer seine Gewinne und Steuern laufend berechnet, kann frühzeitig Geld zurücklegen.
• Vermeidung von Nachzahlungen: Fehler oder vergessene Belege werden schneller erkannt und korrigiert.

Checkliste für die laufende Praxisbuchhaltung

• Belege sortieren (Datum, Art der Ausgabe/Einnahme) 
• Betriebseinnahmen nach Leistungen (KV, Privat, IGeL, sonstige) aufteilen
• Kasse zeitnah führen (elektronisches Kassenbuch)
• Bankumsätze importieren und zuordnen
• Private Entnahmen und Einlagen separat buchen
• Anlageverzeichnis pflegen (Neuanschaffungen eintragen)
• Umsatzsteuerpflichtige Umsätze markieren
• Periodisch BWA erstellen und mit Planwerten vergleichen
• Unterlagen digital archivieren (GoBD‑konform)
  

Was kostet die Auslagerung der Buchhaltung an externe Dienstleister?

Die Kosten für ausgelagerte Buchführung hängen vom Leistungsumfang, der Anzahl der Belege und dem Umsatz ab. Steuerberater rechnen nach der Steuerberatervergütungsverordnung (StBVV) ab. Für das Führen der kompletten, laufenden Finanzbuchführung dürfen sie pro Monat 2/10 bis 12/10 einer vollen Gebühr berechnen. Die Gebühren richten sich wiederum nach dem Jahresumsatz der Arztpraxis bzw. der Summe der Betriebsausgaben (falls diese höher als der Jahresumsatz ist). Dieser Richtwert wird als “Gegenstandswert” bezeichnet. Die Gebühren der jeweiligen Gegenstandswerte sind aus der Anlage 3 (Tabelle C) der StBVV zu entnehmen. Für einen Gegenstandswert von 50.000 €, 100.000 € und 150.000 € sind also folglich diese Gebührenspannen möglich:

Gegenstandswert in €	Volle Gebühr in €	Niedrigste Gebühr des Steuerberaters (2/10) in €	Höchste Gebühr des Steuerberaters (12/10) in €
50.000	138	27,6	165,6
100.000	188	37,6	225,6
150.000	230	46	276

Neben Steuerberatern können auch Buchhaltungsprogramme genutzt werden, die bereits ab ca. 10 € pro Monat erhältlich sind, während umfangreichere Pakete mehrere Hundert Euro kosten können. Wird hingegen eine eigene Buchhalterin angestellt, entstehen monatlich brutto Lohnkosten von 3.000 – 4.000 € (Vollzeit) bzw. 2.500 – 3.500 € (Teilzeit). Alternativ können Sie auch einen externen Buchhalter beauftragen, hierbei liefert die Gebührentabelle des Bundesverbandes selbständiger Buchhalter und Bilanzbuchhalter (b. b. h.) jedoch keine verbindlichen Kostenangaben.

Wie kann die Zusammenarbeit mit dem Steuerberater optimiert werden?

Eine gute Kooperation mit dem Steuerberater spart Zeit und Kosten. Experten raten, alle Unterlagen geordnet und digital zur Verfügung zu stellen, um langes Sortieren zu vermeiden. Ärzte können einfache Buchungen selbst erledigen, Voranmeldungen über ELSTER einreichen und die Lohnabrechnung mit Software selbst erstellen, während der Steuerberater die Jahresabschlüsse und komplexe steuerliche Fragen übernimmt. Dieses Vorgehen kann die Beraterkosten halbieren und bietet zugleich Einblicke in die internen Zahlen sowie praxisrelevantes Know-how im Umgang mit betriebswirtschaftlichen Prozessen. Bei Unsicherheiten sollte jedoch auch bei weniger komplexen Fragen Unterstützung bei einem Berater gesucht werden. Zudem sollten Ärzte regelmäßig die Betriebswirtschaftliche Auswertung analysieren und mit ihrem Berater besprechen, um auf dieser Grundlage frühzeitig steuerliche und wirtschaftliche Weichen zu stellen. Spezialisierte Steuerberater für Heilberufler kennen die Besonderheiten im Gesundheitswesen und können helfen, Investitionen, Abschreibungen und den Praxisverkauf optimal zu gestalten.  

Diese typischen Fehler sollten Praxisinhaber bei der Buchhaltung vermeiden

• Vermischung von privaten und betrieblichen Finanzen: Private Ausgaben über das Geschäftskonto führen zu Problemen bei der Gewinnermittlung und erhöhen den Aufwand des Steuerberaters.
• Fehlende Liquiditätsplanung und zu hohe Privatentnahmen: Wer den Steuerbescheid nicht einplant und zu viel Geld entnimmt, gerät schnell in Zahlungsschwierigkeiten.
• Unprofessionelle Belegablage: Lose Belege, Thermokassenbons ohne Kopie und unvollständige elektronische Archive verstoßen gegen die GoBD und können bei einer Betriebsprüfung zu Nachfragen führen.
• Unklare Investitionsentscheidungen: Investitionen sollten wirtschaftlich sinnvoll sein, nicht nur „um Steuern zu sparen“. Überhöhte Leasingraten oder ungenutzte Geräte belasten die Liquidität.
• Alleingänge ohne fachliche Beratung: Wer ohne Steuerberater arbeitet, riskiert Fehler bei Umsatzsteuer, Abschreibungen und Gewinnermittlung. Ein branchenerfahrener Berater für Heilberufe sichert gegen Haftungsrisiken ab.

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